Suomi kuuluu Euroopan lepakoiden suojelusopimukseen, joka velvoittaa meitä suojelemaan lepakoita. Kuten ennen sopimustakin, lepakoiden pyydystäminen ja tappaminen ilman viranomaisen lupaa on kiellettyä. Tämän lisäksi lepakoille tärkeitä talvehtimis- ja lisääntymispaikkoja sekä päiväpiiloja pyritään suojelemaan ja ravinnonsaannin kannalta tärkeät alueet huomioidaan suojelupäätöksiä tehtäessä.
Lepakoilla on runsaasti erilaisia bakteereja ja viruksia, joista ihmisen kannalta ikävimpiä ovat useat rabiesta eli raivotautia (vesikauhu) aiheuttavat virukset. Lepakoiden ei siksi olisikaan hyvä asua kesämökin rakenteissa. Ensisijaisesti kannattaa ottaa yhteyttä mökkikunnan ympäristöterveydenhuoltoon ja kysyä heiltä tarkempia toimintaohjeita.